苏先生 Mr. Su

河南工业大学 | 生物工程学院 & 信息科学与工程学院 · 生物工程(主修) & 计算机科学与技术(辅修) | 本科大二在读

📌 个人简介

一名具备 “生物+计算”交叉学科背景 的大二学生。主修生物工程,系统掌握现代生物学原理;辅修计算机科学,熟练运用编程与算法解决工程问题。对 计算生物学、生物信息学及高性能计算在生命科学中的应用 充满热情。通过个人博客持续实践并分享 生物数据挖掘、生物计算加速(CUDA)及分析流程开发 等项目,致力于搭建连接生物问题与计算解决方案的桥梁。

Personal Profile: An explorer with an interdisciplinary background in "Biology + Computing". Majoring in Biological Engineering, I have systematically mastered modern biological principles; minoring in Computer Science, I am proficient in using programming and algorithms to solve engineering problems. Passionate about computational biology, bioinformatics, and the application of high-performance computing in life sciences, I continuously practice and share projects such as biological data mining (e.g., WGCNA), accelerated biological computing (CUDA), and analysis pipeline development through my personal blog, striving to build a bridge connecting biological problems with computational solutions.

🎓 教育背景

河南工业大学 预计2028年毕业

  • 主修专业:生物工程 | 生物工程学院 | GPA: 3.6/4.0
  • 辅修专业:计算机科学与技术 | 信息科学与工程学院 | 已修核心课程

相关课程:生物学核心:生物化学、分子生物学、基因工程、细胞生物学;计算与信息核心:Python/C++程序设计、数据结构、算法基础、数据库原理。

Education Background: Henan University of Technology (Expected 2028) - Major: Biological Engineering, Minor: Computer Science. GPA 3.6/4.0. Core coursework includes Biochemistry, Molecular Biology, Genetic Engineering, Python/C++ Programming, Data Structures, Algorithms, etc.

💻 技术能力

🧬 生物信息学与数据分析WGCNA、差异表达分析、GO/KEGG富集分析、R语言(tidyverse, ggplot2)、Bioconductor基础、NCBI工具集、分子对接、动力学模拟
⚡ 编程与高性能计算Python (NumPy, Pandas, Scikit-learn)、C/C++、CUDA并行编程入门、Linux命令行、Shell脚本
🌐 全栈开发与自动化前端:HTML/CSS/JavaScript (Vue.js基础);后端:Python Flask/Node.js;数据库:MySQL;流程自动化脚本编写
🔬 生物实验与软件熟悉常规分子实验原理、ImageJ、PyMOL(基础)、SnapGene、GraphPad Prism
🛠️ 通用工具Git、Docker(基础)、VS Code、Jupyter Notebook、Markdown

🚀 项目经历

1. 计算生物学:基于WGCNA的基因共表达网络构建与表型关联分析

(个人研究项目 | 2024年11月 - 2024年12月)
  • 目标:利用公开的植物胁迫响应转录组数据集,挖掘协同表达的关键基因模块,并解析其生物学功能。
  • 行动:使用R语言完成数据预处理、软阈值筛选,构建无尺度网络;识别12个模块并关联表型;进行GO/KEGG富集分析,验证到已知胁迫通路。
  • 成果:独立完成全流程分析,撰写技术博客,提供可复现的WGCNA入门指南。

Computational Biology Project: WGCNA-based gene co-expression network construction and phenotype correlation analysis (Nov-Dec 2024). Completed end-to-end analysis and published a detailed tutorial.

2. 交叉学科工程:基于CUDA的分子动力学模拟温度场加速计算初探

(创新实践项目 | 2024年12月 - 至今)
  • 目标:探索GPU并行计算在模拟生物大分子体系能量传递或简单扩散过程中的性能优势。
  • 行动:以牛顿冷却定律为模型,用C++和CUDA实现并行内核;设计二维网格,利用共享内存优化;与CPU串行对比获得约22倍加速比。
  • 成果:验证了GPU加速的潜力,为更复杂的模拟打下基础。

Interdisciplinary Project: Preliminary exploration of temperature field acceleration using CUDA (Dec 2024 - present). Achieved ~22x speedup over CPU.

3. 自动化工具开发:C++的蛋白质配体和分子口袋结合位点半径加权中心分析

(实验室工具开发 | 2024年10月)
  • 目标:解决实验室手动寻找中心位点的低效。
  • 行动:自研PDB文件解析引擎;实现半径加权平均算法,根据范德华半径加权计算分子中心。
  • 成果:工具可为分子对接提供参考起点,易于扩展为批量处理管道。

Tool Development: C++ program for radius-weighted center analysis of protein-ligand binding sites (Oct 2024). Self-developed PDB parser and weighting algorithm.

✨ 总结

拥有计算机和生物学基础:从生物工程的本源理解生命科学的复杂问题,从计算机科学的手段寻找高效、精准的解决方案。我享受这种在湿实验(Wet Lab)与干实验(Dry Lab)之间穿梭的挑战。具备自主学习能力、逻辑思维能力和将复杂问题工程化的能力。渴望在合成生物学、计算生物、生物信息或药物发现等领域,从事将前沿生物问题与先进计算技术相结合的实习或科研工作。

Summary: Possess a dual perspective, enjoy navigating between Wet Lab and Dry Lab. Strong self-learning and logical reasoning skills. Eager to pursue internships/research in synthetic biology, computational biology, bioinformatics, or drug discovery.